Jurnal Penelitian Kehutanan Wallacea sudah terindeks di lembaga pengindeks sebagaimana berikut:
1. DOAJ (Sejak 2 Nopember 2015)
2. EBSCO (Sejak Tahun 2017)
3. ROAD (Sejak 2016)
4. Microsoft Academic (Sejak 2017)
5. Sherpa/Romeo (Sejak 2016)
6. Toronto Publik Library (Sejak 16 Pebruari 2016)
7. Google Scholar (Sejak 3 Februari 2014)
8. Global Impact Factor (Sejak tahun 2016)
9. Cite Factor (Sejak 17 Oktober 2015)
10. base-search.net (Sejak 14 Oktober 2015)
11. OAJI.net (Sejak 24 Oktober 2015)
12. Crossref (Sejak 26 Juni 2015)
13. WorldCat (Sejak 2015)
14. Citeulike (Sejak 1 Oktober 2015)
15. Trove (Sejak 2014)
16. Scilit (Sejak Tahun 2017)
17. Indonesia One Search (Sejak Tahun 2017)
18. neliti (Sejak Tahun 2017)
19. SINTA (Sejak Tahun 2017)
20. Portal Garuda, Indonesian Publication Index (IPI) (Sejak Februari 2014)
21. Indonesian Scientific Journal Database (ISJD) (Sejak 28 Mei 2013)