JPK Wallacea pertama kali terakreditasi oleh Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) pada tanggal 7 Oktober 2013 (Akreditasi nomor 561/Akred/P2MI-LIPI/09/2013, surat akreditasi dapat ditemukan DISINI) dan berlaku sampai tahun 2016. Saat ini, JPK Wallacea telah terakreditasi oleh dua lembaga yaitu:
1. LIPI dengan nomor akreditasi 764/AU1/P2MI-LIPI/10/2016 tanggal 2 November 2016 dan berlaku selama 5 tahun. Surat akreditasi bisa dilihat DISINI. Berita selengkapnya.

2. Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi melalui Direktur Jenderal Penguatan Riset dan Pengembangan nomor 36b/E/KPT/2016 tanggal 25 Mei 2016 dan berlaku selama 5 tahun. Surat akreditasi bisa dilihat DISINI. Berita selengkapnya.